以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。
演员：阿部宽 宇梶刚士 石田百合子 大卫伊东 大塚周夫 堀内贤雄 大塚明夫 三木真一郎 桐本拓哉 石冢运升 屋良有作 宝龟克寿 乡里大辅 桧山修之 土田大 甲斐田裕子 阪口大助 仪武祐子 河本邦弘 太田哲治 岸尾大辅 大浦冬华 下山吉光 逢坂力 园部好德 安元洋贵 森谷惠利 镜优雅 津嘉山正种
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