在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
演员：梶裕贵 石川由依 井上麻里奈 三上枝织 下野纮 小林优 谷山纪章 细谷佳正 朴璐美 神谷浩史 子安武人 花江夏树 佐仓绫音 沼仓爱美 增田俊树 村瀬步 松风雅也 小野贤章 榎木淳弥 渡边明乃 斋贺光希 井上和彦 齐藤次郎 花轮英司
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演员：梶裕贵 雨宫天 久野美咲 悠木碧 铃木达央 福山润 高木裕平 坂本真绫 杉田智和 宫野真守 木村良平 樱井孝宏 内田夕夜 小西克幸 佐藤利奈 东地宏树 岩崎博 市道真央 小野大辅 小林裕介 津田健次郎 高垣彩阳 游佐浩二
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