上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
演员：吴彦祖 刘俊谦 吴慷仁 谢君豪 王丹妮 廖子妤 艾丹·吉伦 休·博纳维尔 周润发 郭富城 梁家辉 古天乐 元彪 叶童 陈以文 莫文蔚 周文健 陈家乐 白只 彭敬慈 朱鉴然 谭旻萱 何启华 杨乐文 邱士缙 魏浚笙 林嘉华 太保 杨天宇 高海宁 郑则仕 张可坚 麦沛东 陈湛文 陈伟雄 张达伦 栢天男 林家熙
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