第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗...
演员：拉米·马雷克 劳伦斯·菲什伯恩 瑞秋·布罗斯纳安 霍特·麦克卡兰尼 乔·博恩瑟 凯特芮娜·巴尔夫 朱丽安妮·尼科尔森 平岳大 爱丽丝·休金 马克·里斯曼 阿德里安·马丁斯 约瑟夫·米尔森 尼克·米尔斯 弗勒尔·基思 大卫·米尔斯 盖·罗宾斯 蒂芙尼·格雷 芭芭拉·普罗布斯特 里兹·汗 理查德·苏塔尔 雅雅·哈姆扎
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演员：维尼·琼斯 斯图·班尼特 让-保罗·李 杰西卡-简·斯塔福德 李·查尔斯 宾利·卡鲁 卡特莉娜德登 David Schaal Josh Myers Joe Egan Mark Griffin 詹妮弗·李·穆恩 Darren Burridge 马特·罗特利奇
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