继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：西奥·詹姆斯 卡雅·斯考达里奥 米凯莱·莫罗尼 休·博纳维尔 丹尼尔·英格斯 乔莉·理查德森 约书亚·麦圭尔 劳伦斯·欧弗林 维尼·琼斯 雷·温斯顿 吉安卡罗·埃斯波西托 亚历克西斯·罗德尼 哈里·古德温斯 皮尔斯·奎格利 约翰·麦克格雷利 查内尔·克雷斯韦尔 肖恩·沃克 迈克尔·武 鲁比·西尔 佳思敏·布莱克波洛 斯蒂芬·菲切特 玛莎·米兰
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演员：卡尔·厄本 杰克·奎德 安东尼·斯塔尔 艾琳·莫里亚蒂 杰弗里·迪恩·摩根 多米妮克·麦克艾丽戈特 杰西·厄舍 拉兹·阿隆索 切斯·克劳福 托默·卡蓬 凯伦·福原 内森·米切尔 蔻碧·米纳菲 克劳迪娅·多米特 詹森·阿克斯 劳瑞·侯登 凯蒂娅·温特 卡梅伦·克罗维蒂 安·库萨克 杰克·杜兰 克莉丝汀·布丝 贾斯汀·戴维斯 尼克·维切斯勒 迈尔斯·加斯顿·维拉努瓦 凯蒂·布赖尔 克里斯蒂安·凯耶斯 马尔科姆·巴雷特 乔丹娜·拉茹瓦 莎拉·斯维尔 大卫·瑞勒 玛雅·米沙里维克 瑞恩·布雷克利 莱拉·罗宾斯 盖
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演员：佐伊·索尔达娜 妮可·基德曼 摩根·弗里曼 蕾斯拉·德·奥利维拉 拉莫尼卡·加勒特 吉尔·瓦格纳 迈克尔·凯利 珍尼希斯·罗德里格兹 詹姆斯·乔丹 戴夫·安纳布尔 伊恩·鲍汉 斯蒂芬妮·努尔 萨德·拉金比尔 汉娜·洛夫·拉尼尔 马特·杰拉德 伊丽萨维塔·奈莱丁 奥斯汀·赫伯特 塞莱斯蒂娜·哈里斯 杰克·迪米奇 阿森·格里戈罗夫
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